Setup

利用Conda安装Snakemake

scRNA-seq 的快速发展推动了各类分析方法的爆发式增长，但是目前还没有对整个分析流程进行系统比较的相关结果。本文中作者通过单细胞以及混合细胞或 RNA，模拟真实实验，对包括标准化、填补、降维、聚类、轨迹分析以及数据整合等过程相关的软件做了系统的比较

聚类是单细胞转录组数据分析中的一大核心步骤，本综述中作者对无监督式聚类的相关挑战进行介绍

Bioconductor提供了完成单细胞转录组分析所需的大量软件包，本综述向我们展示了如何利用Bioconductor实现整个分析流程

胚胎发生过程中，细胞通过转录状态的转变获得不同的命运。本研究中，作者对38371个斑马鱼胚胎细胞进行测序，并开发URD重构发育轨迹

原肠胚形成是胚胎多能细胞分化形成谱系特异性前体细胞过程中的一个重要阶段。本研究中作者对小鼠E6.5-E9.5阶段的116,312细胞进行单细胞转录组测序，从而构建原肠胚形成过程的分子图谱

单细胞转录组学数据能够用于推断轨迹，从而对细胞动态变化过程进行无偏倚研究。本文中，作者对45种轨迹预测方法进行了评估，并为研究者选择合适的软件方法提出了实质性的指导意见

哺乳动物器官发生是一个奇妙的过程：在较短的时间内，三个胚层的细胞转化形成包含绝大部分内部和外部器官结构的胚胎。本研究中，作者通过 sci-RNA-seq3，对61个E9.5-13.5阶段的小鼠胚胎的约2百万个细胞进行单细胞转录组测序，获得小鼠器官发生图谱（MOCA），并利用 Monocle3，鉴定出上百种细胞亚型，56个轨迹以及对应的标志基因

IRanges, GRanges介绍

Introduction

人类肿瘤存在普遍的异质性，可以通过各种不同的机制产生：

• 基因组不稳定，随机产生的突变不断累积，导致遗传多样性，产生具有不同基因型的亚克隆
• 细胞分化，肿瘤干细胞模型中，肿瘤是通过一组类干细胞群体层级组织形成的，并经由自我更新和分化不断生长
• 肿瘤微环境，肿瘤不同区域的不同选择压力导致肿瘤内异质性